陰茎（ペニス）は腹壁につながった陰茎根、中間部の陰茎体、陰茎先端の円すい形をした亀頭から成り立っています。
亀頭の先端には、精液と尿の出口になる外尿道口があります。亀頭と陰茎体の間のくびれを亀頭冠といい、割礼（こどもの頃に包皮を切ること）を受けていない男性では、亀頭が露出せず、亀頭冠まで包皮で覆われています。
これを包茎といいます。
陰茎体には、勃起組織である円筒形の空間（洞）が3本あります。そのうち大きい方の2本は1対の陰茎海綿体で、並列しています。
もう1本は、尿道を取り巻く尿道海綿体です。これらの海綿体洞が血液で満たされると、陰茎は大きく硬くなりますこれを勃起といいます。
陰嚢（金玉袋）は薄い皮膚でできた袋で、精巣（金玉）を包んで保護しています。また、陰嚢（金玉袋）には精巣（金玉）の温度を調節する役割もあります。
正常な精子をつくるためには、精巣（金玉）の温度を体温よりやや低く保つ必要があります。
そこで、陰嚢壁の精巣挙筋（金玉をぶら下げている紐のような筋肉）が緩んだり縮んだりすることで、精巣を体から離して冷やしたり、体に近づけて温めたり保護したりします。
精巣（金玉）は大きめのオリーブの実ほどの大きさの卵形の器官で、陰嚢（金玉袋）に収められています。通常、左の精巣は右よりもわずかに低い位置にあります。
精巣（金玉）には、精子をつくる機能と、主要な男性ホルモンであるテストステロンをつくる役割があります。
精巣上体（副睾丸）はコイル状の管で、長さは約6メートルあり、左右の精巣にそれぞれつながっていて、精巣でつくられた精子は精巣上体に集められここで成熟して精子になります。
精管は精巣上体から精子を送る丈夫な管で左右の精巣上体から伸びて前立腺の後側につながり、尿道に達しています。精管はさらに、血管や神経と合わさってからみ合った構造の精索を形成します。
男性の尿道には2つの機能があり1つは膀胱（ぼうこう）から尿を排出する尿路の一部としての機能と、もう1つは精液を射出する生殖器系の一部としての機能です。
前立腺は膀胱のすぐ下にあって、その中を尿道が通っています。通常はクルミほどの大きさですが年をとるにつれて大きくなっていきます。前立腺が肥大すると尿道の尿の流れを邪魔します。
前立腺の上にある精嚢は、精管と合流して射精管を形成し前立腺の内部を通って尿道につながっています。前立腺と精嚢は精子の栄養となる液をつくっています。精液の大部分を占めるのはこの分泌液で、射精時に精子がこの中に放出されて体外に出て行きます。
精液に含まれる他の成分は、精管と陰茎頭部の粘液腺でつくられています。